海南省现代渔业工厂化养殖的发展面临的挑战主要包括以下几个方面：

1. 养殖成本

据搜索结果显示，工厂化养殖的成本相较于传统的养殖方式要高。例如，在海南省的石斑鱼养殖产业中，虽然工厂化养殖的单位成本（42.28元/kg）相比传统养殖（41.14元/kg）稍高，但是其成本中的63.86%被用于苗种支出，这是传统养殖方式无法比拟的。

2. 技术难题

工厂化养殖对技术的要求较高，需要解决一系列技术难题，如水质处理、设备选型、养殖管理等。同时，由于工厂化养殖依赖于高度自动化的设备和精确的营养控制，一旦出现故障，可能导致严重的经济损失。

3. 政策因素

尽管海南省政府已出台了一系列鼓励渔业转型升级的政策措施，但仍面临一些挑战。例如，如何确保政策的落地实施，如何协调各方利益，如何吸引足够的投资等。

4. 市场接受度

市场对于工厂化养殖产品的接受度也是一个挑战。消费者对新鲜、健康、环保的海鲜产品有着较高的需求，但目前市场上的产品往往难以完全满足这些要求。因此，提高产品的市场竞争力，扩大销售渠道，也是一个重要的挑战。

5. 环境因素

工厂化养殖对环境的影响也是一个不容忽视的问题。如何在实现高效生产的同时，最小化对环境的影响，做到可持续发展，也是一个重要的挑战。

总的来说，海南省现代渔业工厂化养殖的发展面临着多方面的挑战，需要政府、企业和科研机构共同努力，才能实现健康、高效和可持续的发展。